在自然界中，碳酸钙主要是由生物和非生物过程形成的。在生物过程中，许多生物体，如贝壳、珊瑚、海绵等，通过吸收周围的碳酸盐离子来形成它们的骨骼或外壳。这些物质逐渐沉积并形成了许多石灰岩或大理石岩层。

非生物过程中，碳酸钙也是在地球上形成的，如在海洋中，大量的碳酸盐溶解于海水中，通过生物和非生物的作用而沉淀到海底形成石灰岩，而在陆地上则是由于长期的地质作用、水、风等自然力的侵蚀和作用，造成岩石的破碎，再由水流或风力等将其带到湖泊或海洋中，形成海底沉积物。